Sypniewo po raz pierwszy wymienione jest z nazwy w dokumentach z 1380 r. jako własności m.in. Janka z Sypniewa. Około roku 1392 wieś dzięki małżeństwu została własnością Dobiesława Rungi herbu Odrowąż, który słynął w okolicy z rozbójnictwa i według tradycji był fundatorem pierwszego kościoła w Sypniewie.
W XIII – XIV wieku powstała parafia św. Katarzyny Aleksandryjskiej.
W XV-XVI wieku Sypniewo stanowiące część majątku ziemskiego było własnością Runge-Sypniewskich, Białośliwskich, Witosławskich, Działyńskich, od roku 1711 Goetzendorf-Grabowskich. W XVIII wieku lub wcześniej tu powstał drewniany dwór.
W roku 1824 Józef Goetzendorf-Grabowski chcąc uzyskać środki na ratowanie swoich pozostałych zadłużonych majątków odsprzedał miejscowe dobra Bankowi Królewskiemu w Berlinie, a ten oddał go w dzierżawę. W roku 1830 nabywcami majątku zostali Albert Wilckens i Franz Nagel. Wilckens opuścił Sypniewo, a do roku 1849 majątkiem zarządzał Nagel. W tym samy roku majątek odkupiła wdowa po Wilckensie i do stycznia 1945 majątek pozostawał w rękach tej rodziny.
Około 1850 stary dwór został rozebrany i wzniesiono nowy murowany pałac według projektu Karola Fryderyka Schinkla, zamówionego przez Alberta Wilckensa w roku 1835, a zrealizowanego przez Leberechta Wilckensa. Po poprzednim dworze zachowała się jedna z piwnic o sklepieniu kolebkowym, zaadaptowana na miejsce spotkań Loży Masońskiej. Pałac w stylu klasycystycznym z elementami neorenesansowymi wzniesiono na planie kwadratu z wieżą, otoczony 9-hektarowym parkiem w stylu angielskim. Kolejny właściciel Fritz Wilckens zasłynął z odkrycia i udokumentowania kręgu kamiennego i kurhanu w Dorotowie, związany też był z masonerią. W roku 1913 Fritz uzyskał szlachectwo i zmarł. W roku 1920 gmina Więcbork wraz z Sypniewiem znalazła się w granicach Polski.
Syn Fritza, Hans Jurgen von Wilckens zorganizował w Sypniewie ośrodek szpiegostwa i dywersji niemieckiej, jeden z najbardziej aktywnych na Pomorzu. W roku 1939 Wilckens wkroczył do Polski jako oficer SS i zasłynął prześladowaniami ludności polskiej. W roku 1945 uciekł z Polski i nie ponosząc konsekwencji za zbrodnie wojenne, umarł w RFN w 1974 roku.
W roku 1945 majątek Sypniewo przejął skarb państwa i uległ częściowej parcelacji. W roku 1947 w pałacu utworzono Technikum Rolnicze. W latach 1963–1968 pałac w Sypniewie przeszedł generalny remont, a w latach 70. XX wieku przeznaczono go wyłącznie na mieszkania dla nauczycieli. W 2002 roku pałac wydzierżawiono rodzinie Adamskich.
Do 1954 roku miejscowość była siedzibą gminy Sypniewo. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie bydgoskim. Według Narodowego Spisu Powszechnego (III 2011 r.) liczyła 1649 mieszkańców. Jest największą wsią gminy Więcbork.
W latach 1969-1974 wybudowano murowany kościół pw. św. Maksymiliana Marii Kolbego. Poświęcił go ks. bp. Stanisław Stefanek, ówczesny biskup łomżyński, dnia 25 czerwca 2000 r
