Pierwsze źródła historyczne podają niemiecką nazwę: Nydenburg, później utrwaliła się forma Neidenburg („gród nad rzeką Nidą”), które z kolei spolszczano na Nibork, Nidbork, Niedzbórz. Niezależnie od tych form, funkcjonowała polska nazwa Nidzica, która przez wieki była jednak mniej znana.
Nazwa Nibork często występowała w polskich opracowaniach okresu międzywojennego i dlatego po przyłączeniu Mazur do Polski w 1945 początkowo miasto oficjalnie nosiło tę nazwę. Dopiero 7 maja 1946 zastąpiono ją formą Nidzica jako bardziej słowiańską. Pozostałością tego okresu są nazwy ulic Niborska w Olsztynie (na Osiedlu Mazurskim), Elblągu oraz we Wrocławiu (osiedle Kowale). Dawniej ulica Niborska znajdowała się również w Mławie (dziś Padlewskiego).
