Nazwa miasta w dokumentach, począwszy od średniowiecza, zapisywana była różnie: Moring, Moringen, Merinck, Maronis, Marung, Morung, Morungen, Mohrungen (ostatnia nazwa obowiązywała do 1945). Według Andrzeja Wakara nazwa ta jest pochodzenia pruskiego i wywodzi się od pruskiej nazwy Jeziora Morąskiego: Mawrin, Maurin lub Morina (taką interpretację sformułował anonimowy autor dodatku do kroniki Piotra z Dusburga). Za hipotezą, że nazwa miasta jest pochodzenia pruskiego przemawia również sufiks „-ąg” (niem. – ung, -ungen) występujący w nazwach pochodzenia pruskiego, np. Elbląg, Bartąg, Wadąg, Skiertąg i inne (por. podobieństwo nazwy położonego ok. 10 km na wschód jeziora Marąg i rzeki o tej samej nazwie).
