Pierwsza dotychczas odnaleziona wzmianka o miejscowości Jednorożec to zapis z ksiąg przasnyskich ziemskich wieczystych z 1640, wedle której szlachcic Sebastian Ulatowski, syn zmarłego Stanisława de Ulatowo-Czerniaki, zakończył spór graniczny między swoimi dobrami a wsią Sopęchy alias Jednoroziec. W Metryce Koronnej pod datą 3 lipca 1643 czytamy, że król Władysław IV Waza nadał starostwo przasnyskie Samuelowi Rylskiemu, podkomorzemu koronnemu. Akt nadania wymienia położoną w starostwie miejscowość Jednorożec. W lustracji dóbr królewskich z 1661 pojawia się miejscowość Jednoroziec alias Sopechy. Określenie Sopechy notujemy już wcześniej jako określenie ludzi, którym starosta przasnyski nadał przywilej używania łąk w Puszczy Mazuch. Łąki należące do Sopechów mogły być zlokalizowane w okolicach dzisiejszego Jednorożca. Heraldyk i genealog Adam Pszczółkowski uważa, że za zmianę nazwy miejscowości z Sopech na Jednorożec odpowiada Jan Baranowski, starosta przasnyski (1616–1643). Nazwa Jednorożec ma pochodzić od herbu rodowego jego matki, Doroty z Fredrów, która pieczętowała się Bończą
Parafia powstała w wyniku wydzielenia z terytorium parafii pw. św Mikołaja w Chorzelach. Z powodu znacznego oddalenia od kościoła parafialnego (18 km), mieszkańcy Jednorożca w 1862 r. poprosili o pozwolenie na budowę drewnianej kaplicy. W 1879 r. kaplicę powiększono do rozmiarów małego kościółka i wybudowano dzwonnicę. W 1888 r. kaplica zaczęła funkcjonować jako kościół filialny parafii chorzelskiej.
W 1892 r. w nowo wybudowanej plebanii zamieszkał zarządca kościoła filialnego, ks. Izydor Pałubiński (1892-1911)
